2014年6月8日，位于台湾南部的澎湖南方四岛正式被指定为国家公园，是继东沙环礁国家公园之后的第2座海洋型国家公园。本展期望通过展示教育，让公众认识澎湖南方四岛在自然地景、生物多样性和人文景观上独特与珍贵的价值，同时推广地景及物种生态保护、永续海洋等观念。
本展展出台湾澎湖南海的秘境岛屿，包含东吉屿、西吉屿、东屿坪屿、西屿坪屿四岛，与邻近较小的9个岛屿及周边丰富的海洋生态。展示内容包含「澎湖南方四岛」特殊的地质景观、丰富的海洋生态资源、特有植物及保护动物、菜宅人文地景等多样化的资源等面向，及其为澎湖海洋生物种原库的重要性。
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