吉林大学拥有两所博物馆，地质博物馆位于朝阳校区，主要收藏古生物化石及矿物标本；考古与艺术博物馆位于前卫校区，展示各类传世文物及吉林大学考古成果。
历史：
吉林大学地质博物馆又称「地质宫」，最初是1938年伪满洲国时期为溥仪兴建的新皇宫，但因资金紧张，抗日战争结束时仅完成地下部分。1953年以此为基础修建新大楼，作为东北地质学院的校舍。
吉林大学考古与艺术博物馆的前身是吉林大学历史系文物室，成立于1955年，初期藏品主要来自古文物学家于省吾、罗继祖等人的捐赠。
1997年地质学院更名为长春科技大学，次年校内的地质博物馆对外开放；2000年学校并入吉林大学。
2010年，吉林大学正式成立考古与艺术博物馆，将一座旧食堂改建为馆舍，2013年起对外开放。
明青白玉饕餮纹匜
展厅及馆藏：
地质博物馆拥有超过2万件藏品，主展厅位于二层，陈列面积1500平方米，分为科普厅和恐龙厅两部分。科普厅展品主要为各类宝石、岩石、矿物、古生物化石标本；恐龙厅展品包括恐龙骨架、脚印和蛋化石等。
馆内收藏有东北地区发现最完整的鸭嘴龙化石——「嘉荫卡龙」、吉林省发现的第一具恐龙化石骨架——「长春龙」、国内晶形最完整、个体最大的正长石标本等。
长春龙化石标本
考古与艺术博物馆藏品超过8000件，以商代甲骨、商周青铜器、历代瓷器、玺印、书画和钱币等为主，还拥有吉林大学考古学系师生历年田野考古发掘的文物标本。
馆内设有一个常设展「历史碎片的缀合：东北考古文化专题陈列」，展示1972年迄今吉林大学在东北地区代表性的考古成果。
部分藏品：
春秋德其铜簋
南宋龙泉窑青瓷刻花五孔瓶
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