国学院大学博物馆基本陈列包括考古与神道两部分，馆内共收藏考古文物及神道学相关资料约11万件，以此展示日本列岛的历史及神道文化。考古部分以时间为线索，分为旧石器时代、绳纹时代、弥生时代、古坟时代以及日本的历史等5个专题。
旧石器时代：通过展示武藏野及相模野地区出土的磨制石器，以及日本各地出土的细石器，直观呈现旧石器时代的各类工具及复杂的制作技艺。
各类石器
绳纹时代：日本人在这一时期开始定居，主要生产活动包括狩猎、捕鱼与采集，生产工具仍以石器为主。展区中展示了当时的狩猎与农耕工具，国学院大学发掘出土的绳纹陶器亦一同展出，如新泻县岩野原遗迹出土的深钵、茨城县立木贝塚出土的土偶等。
土偶，绳纹时代后期·晚期
弥生时代：农作物水稻的出现标志着日本进入弥生时代，该展区集中展示农耕时使用的石器及铁器，反映生产工具的变化。
古坟时代：以墓葬为主题展示各类墓葬出土文物，包括铜镜、陶器、埴轮、勾玉等，展示古坟时代的墓葬文化。这一部分的重要展品包括一面三角缘三神三兽镜、姉崎二子塚古迹出土的石枕等。
石枕，出土于姉崎二子塚古迹，公元5世纪
这件石枕由滑石制成，用于支撑逝者的头部，石枕侧面呈阶梯状，表面刻有直弧纹并饰有立体花饰。
日本的历史：介绍了日本从6世纪至今的发展历程，涵盖陶瓷器制作技艺、宗教文化发展、国家与城市的建立、律法的制定与修正等主题。
部分展品
三角缘三神三兽镜，公元4世纪
这面青铜镜推测是一件从中国输入的舶来品，镜背饰有三神三兽纹饰及波纹带。
藏骨器，出土于茨城县金田官衙遗迹
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