「香港海防故事」是香港海防博物馆的常设展，共设11个主题展厅，展示自唐代以来香港的海防和军事变迁，以及香港抵御日本侵华的历史。
历代防务建置：叙述历代王朝统治下的香港海防建置，包括唐朝以来屯门的防务角色；宋端宗赵昰及宋少帝赵昺南逃来港事迹；元代驻军的情况；以及明、清两朝的一些香港海防工事。
南明铁炮
不平等条约与香港割占：在19世纪列强侵华的背景下，讲述英国如何通过战争手段，分三个阶段夺取香港岛、九龙半岛和昂船洲，以及新界和离岛。这些区域形成了今日「香港」的范围。
军事布局：叙述英国治理香港期间的防卫布局，包括香港开埠初年的军事建置、香港对维持英国远东利益的重要性、19世纪末至20世纪初海岸炮台的变化、英国应对日本入侵的准备工作，以及二战后为巩固香港防务而作出的安排。
描绘1860年赤柱军营的画作
海港设施：香港扼守珠江口，是往东南海域必经之地，英军觊觎香港的海上战略价值，力图把香港发展成海军基地。本展厅将阐述相关历史背景，并介绍长期靠泊在维多利亚港内的医疗船和基地船、为舰艇提供维修和补给的船坞，以及介绍曾到访香港的著名军舰等。
义勇军：此处义勇军指皇家香港军团，是英国政府在香港设立的本地军事部门。这一单元将回顾香港义勇军于1854年初创至1995年解散期间的故事，探究义勇军的起源、任务、贡献，以及义勇军的团队精神。
皇家香港军团（义勇军）的军鼓
多元族裔的军人：介绍由英国人、华人、印度人和尼泊尔人等多个族裔共同驻守香港的时代，通过军事历史文物、档案及个人轶事等诉说多元族裔驻军的故事。
声影说抗战：1931年的九一八事变，揭开了中国人民抗日战争的序幕；港人以各种方式支援抗战，东江纵队港九独立大队奋力抗击侵略者，迎来最后胜利。本展厅主要通过多媒体展品，以声影诉说侵华历史和香港在抗日战争的历程，向抗日英烈致敬。
港九独立大队行军，约摄于1945年
日军侵华·携手抗敌：这一单元及后续两个单元都延续抗战主题，分时段讲述香港抵御日本侵华的历史。这一单元内容包括日本1931年起如何一步步加紧侵略中国，终至1937年发动全面战争；1938年广州沦陷对香港带来的危险；以及香港在1941年12月失守前为抗日作出的贡献。
日军侵港：围绕1941年香港保卫战，介绍香港方面的备战状态、保卫战的经过，以及战俘的遭遇。
抗日游击队与敌后活动：讲述日占时期香港的地下抵抗活动，以及盟军反攻香港的过程，并分析香港作为敌后战场的重要性。
中国人民解放军驻香港部队：介绍中国人民解放军驻香港部队。1997年7月1日，随着香港回顾祖国，中国人民解放军也正式接管香港防务，成为香港的驻军。
部分展品
英国东印度公司铁甲蒸汽舰「复仇女神号」模型1:55
约1870至1880年代的海军船坞（今金钟）
防毒面具
港九独立大队成员的M712速射型毛瑟手枪
中国人民解放军驻香港部队进驻香港纪念封，1997年7月1日发行
展览现场
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